Fue fundada en 1898 a orillas del Lago Lácar por el Ejército Argentino en la Campaña del Desierto, debe su nombre al Libertador Gral. José de San Martín, y el "de los Andes" lo diferencia de las otras localidades con el mismo nombre. Es el destino turístico más importante de la Pcia. del Neuquén y uno de los mas emblemáticos de la Patagonia.

La localidad es internacionalmente reconocida por la excelencia de su hotelería, su gastronomía y sus servicios turísticos en gral. Desde 1937 es la cabecera del Parque Nacional Lanín que contiene 412.000 hectáreas silvestres protegidas. Las calles amplias de su casco histórico con rosales en las veredas, una cuidada arquitectura y una cálida actitud de sus pobladores reflejan una forma de vida particular. Chapelco es el Centro de Esquí de esta localidad, y uno de los más desarrollados de Argentina. Es el epicentro del turismo invernal.

Desde San Martín de los Andes se realizan excursiones a todo el Parque Nacional Lanín. La localidad es el punto de partida o de llegada del circuito internacionalmente famoso de la Ruta de los Siete Lagos, que enlaza los Parques Nacionales Lanín, Arrayanes y Nahuel Huapi, para llegar a Villa La Angostura y San Carlos de Bariloche. Tres son las comunidades Mapuches que tienen sus tierras en la zona: Curruhuinca, Vera y Cayún